Il decennio di fine secolo si distingue per la particolare produttività. Fattori realizza molte incisioni all'acquaforte e partecipa regolarmente alla Biennale di Venezia fin dalla prima edizione del 1895. Riceve anche molti riconoscimenti ufficiali: nel 1900 la medaglia d'oro dell'Esposizione Universale di Parigi per l'incisione Bovi al carro (Maremma); nel 1901 è chiamato a far parte della Commissione artistica della Calcografia Nazionale di Roma; nel 1903 il corpus delle sue incisioni viene pubblicato in edizione speciale in cartella.

Nel maggio di quello stesso anno muore anche la seconda moglie Marianna. Nel 1904 l'Esposizione universale di St. Louis lo premia con la medaglia d’argento. Nel 1907, a 82 anni, sposa in terze nozze la sessantaduenne Fanny Martinelli che solo un anno dopo lo lascia di nuovo vedovo. E’ il 1908: il 30 agosto anche Giovanni Fattori muore a Firenze, in un’aula dell’Accademia.